Bei der Einnahme eines Probiotikums während einer Antibiotikabehandlung wird auch ein Teil der zugeführten probiotischen Bakterien abgetötet. Deshalb muss eine entsprechend hohe Konzentration an probiotischen Bakterien im Präparat angesetzt werden, damit ausreichend viele “Neuankömmlinge” übrig bleiben, um die beeinträchtigte Darmflora vor der Besiedlung mit Clostridien zu schützen. Weiterhin ist es wissenswert, dass auch viele der probiotischen Bakterien, die im Körper ansässig sind, gegen bestimmte Antibiotika resistent sind und deshalb bei der Behandlung mit dem entsprechenden Antibiotikum nicht abgetötet werden. Trotzdem sollte ein möglichst großer Zeitabstand zwischen der Antibiotika- und der Probiotikaeinnahme eingehalten werden, um die zugeführten probiotischen Bakterien nur mit einer möglichst geringen Konzentration an Antibiotikum im Darm zu belasten. Zudem wird die Einnahme auf nüchternen Magen empfohlen, wenn die Konzentration der Magensäure gering ist. Außerdem sollte das Probiotikum selbst nach Beendigung der Antibiotikatherapie noch rund eine Woche eingenommen werden, da viele Antibiotika aufgrund hoher Halbwertszeiten noch lange im Körper zirkulieren und deshalb noch den Aufbau der Darmflora beeinträchtigen können.